Иокогама отметила 150 лет, и юбилейный проект увёл зрителя на Абель. Планета, где людей и роботов не различить по внешности: Аполло выглядит как парень, Микару ведёт себя как машина. Однажды на грузовом судне ловят безбилетника. У него чип с операционкой Cipher, новейшим софтом для маскировки. Аполло берёт чип от скуки, просто из любопытства. И зря.

С этого момента напарник словно выпадает из реальности. Отвечает невпопад, зависает, будто его перепрошивают изнутри. Микару смотрит на это и не понимает ни черта: что за шифр, откуда он взялся, почему ломает именно Аполло. Вопросов всё больше, а ответы прячутся в прошлом Абеля, в его настоящем и даже в том, что ещё не случилось. Копая глубже, парочка понимает: разгадка Cipher каким-то боком касается их самих.

Так кто же закинул эту программу на планету и почему выбрал именно этих двоих?